FSA - Fisheries stock assessment methods.
RForge.net

FSA

About FSA
Installation
Package R docs
Related
Check results
Download/Files
GIT access

GIT repository access

The GIT repository for this project can be cloned using
git clone --recursive https://github.com/droglenc/FSA FSA
see also FSA GitHub repository.

To install the latest development snapshot of this package, use

install.packages("FSA",,"http://rforge.net/",type="source")

Binaries (if avalable) can be installed using

install.packages("FSA",,"http://rforge.net/")

Most recent GIT commits


bbb897f9| Derek Ogle | Fri Oct 12 19:17:09 2018 -0500
Updated website
 M       R/FSAUtils.R
 M       R/growthModels.R
 M       docs/LICENSE-text.html
 M       docs/authors.html
 M       docs/docsearch.css
 M       docs/index.html
 M       docs/news/index.html
 M       docs/pkgdown.css
 M       docs/pkgdown.js
 M       docs/pkgdown.yml
 M       docs/reference/BluegillJL.html
 M       docs/reference/BrookTroutTH-1.png
 M       docs/reference/BrookTroutTH.html
 M       docs/reference/ChinookArg-1.png
 M       docs/reference/ChinookArg.html
 M       docs/reference/CodNorwegian-1.png
 M       docs/reference/CodNorwegian.html
 M       docs/reference/CutthroatAL.html
 M       docs/reference/Ecoli.html
 M       docs/reference/FSA-internals.html
 M       docs/reference/FSA.html
 M       docs/reference/FSAUtils.html
 M       docs/reference/Mirex.html
 M       docs/reference/PSDlit.html
 M       docs/reference/PikeNY.html
 M       docs/reference/PikeNYPartial1.html
 M       docs/reference/SMBassLS.html
 M       docs/reference/SMBassWB.html
 M       docs/reference/Schnute-1.png
 M       docs/reference/Schnute-2.png
 M       docs/reference/Schnute-3.png
 M       docs/reference/Schnute-4.png
 M       docs/reference/Schnute-5.png
 M       docs/reference/Schnute.html
 M       docs/reference/SpotVA1-1.png
 M       docs/reference/SpotVA1.html
 M       docs/reference/Subset.html
 M       docs/reference/Summarize.html
 M       docs/reference/WR79.html
 M       docs/reference/WSlit.html
 M       docs/reference/WhitefishLC.html
 M       docs/reference/addZeroCatch.html
 M       docs/reference/ageBias-1.png
 M       docs/reference/ageBias-10.png
 M       docs/reference/ageBias-11.png
 M       docs/reference/ageBias-12.png
 M       docs/reference/ageBias-13.png
 M       docs/reference/ageBias-14.png
 M       docs/reference/ageBias-15.png
 M       docs/reference/ageBias-16.png
 M       docs/reference/ageBias-17.png
 M       docs/reference/ageBias-18.png
 M       docs/reference/ageBias-19.png
 M       docs/reference/ageBias-2.png
 M       docs/reference/ageBias-20.png
 M       docs/reference/ageBias-21.png
 M       docs/reference/ageBias-22.png
 M       docs/reference/ageBias-3.png
 M       docs/reference/ageBias-4.png
 M       docs/reference/ageBias-5.png
 M       docs/reference/ageBias-6.png
 M       docs/reference/ageBias-7.png
 M       docs/reference/ageBias-8.png
 M       docs/reference/ageBias-9.png
 M       docs/reference/ageBias.html
 M       docs/reference/agePrecision-1.png
 M       docs/reference/agePrecision-10.png
 M       docs/reference/agePrecision-2.png
 M       docs/reference/agePrecision-3.png
 M       docs/reference/agePrecision-4.png
 M       docs/reference/agePrecision-5.png
 M       docs/reference/agePrecision-6.png
 M       docs/reference/agePrecision-7.png
 M       docs/reference/agePrecision-8.png
 M       docs/reference/agePrecision-9.png
 M       docs/reference/agePrecision.html
 M       docs/reference/alkAgeDist.html
 M       docs/reference/alkIndivAge.html
 M       docs/reference/alkMeanVar.html
 M       docs/reference/alkPlot-1.png
 M       docs/reference/alkPlot-10.png
 M       docs/reference/alkPlot-11.png
 M       docs/reference/alkPlot-12.png
 M       docs/reference/alkPlot-13.png
 M       docs/reference/alkPlot-14.png
 M       docs/reference/alkPlot-15.png
 M       docs/reference/alkPlot-16.png
 M       docs/reference/alkPlot-2.png
 M       docs/reference/alkPlot-3.png
 M       docs/reference/alkPlot-4.png
 M       docs/reference/alkPlot-5.png
 M       docs/reference/alkPlot-6.png
 M       docs/reference/alkPlot-7.png
 M       docs/reference/alkPlot-8.png
 M       docs/reference/alkPlot-9.png
 M       docs/reference/alkPlot.html
 M       docs/reference/binCI.html
 M       docs/reference/bootCase.html
 M       docs/reference/capHistConvert.html
 M       docs/reference/capHistSum-1.png
 M       docs/reference/capHistSum-2.png
 M       docs/reference/capHistSum-3.png
 M       docs/reference/capHistSum.html
 M       docs/reference/catchCurve-1.png
 M       docs/reference/catchCurve-2.png
 M       docs/reference/catchCurve-3.png
 M       docs/reference/catchCurve-4.png
 M       docs/reference/catchCurve-5.png
 M       docs/reference/catchCurve.html
 M       docs/reference/chapmanRobson-1.png
 M       docs/reference/chapmanRobson-2.png
 M       docs/reference/chapmanRobson-3.png
 M       docs/reference/chapmanRobson-4.png
 M       docs/reference/chapmanRobson-5.png
 M       docs/reference/chapmanRobson-6.png
 M       docs/reference/chapmanRobson.html
 M       docs/reference/chooseColors-1.png
 M       docs/reference/chooseColors-2.png
 M       docs/reference/chooseColors-3.png
 M       docs/reference/chooseColors-4.png
 M       docs/reference/chooseColors-5.png
 M       docs/reference/chooseColors-6.png
 M       docs/reference/chooseColors.html
 M       docs/reference/col2rgbt.html
 M       docs/reference/compIntercepts-1.png
 M       docs/reference/compIntercepts.html
 M       docs/reference/compSlopes-1.png
 M       docs/reference/compSlopes.html
 M       docs/reference/depletion-1.png
 M       docs/reference/depletion-2.png
 M       docs/reference/depletion-3.png
 M       docs/reference/depletion-4.png
 M       docs/reference/depletion.html
 M       docs/reference/diags.html
 M       docs/reference/dunnTest.html
 M       docs/reference/expandCounts.html
 M       docs/reference/expandLenFreq.html
 M       docs/reference/extraTests.html
 M       docs/reference/fact2num.html
 M       docs/reference/fishR.html
 M       docs/reference/fitPlot-1.png
 M       docs/reference/fitPlot-10.png
 M       docs/reference/fitPlot-11.png
 M       docs/reference/fitPlot-12.png
 M       docs/reference/fitPlot-13.png
 M       docs/reference/fitPlot-14.png
 M       docs/reference/fitPlot-15.png
 M       docs/reference/fitPlot-16.png
 M       docs/reference/fitPlot-17.png
 M       docs/reference/fitPlot-18.png
 M       docs/reference/fitPlot-19.png
 M       docs/reference/fitPlot-2.png
 M       docs/reference/fitPlot-20.png
 M       docs/reference/fitPlot-21.png
 M       docs/reference/fitPlot-22.png
 M       docs/reference/fitPlot-23.png
 M       docs/reference/fitPlot-24.png
 M       docs/reference/fitPlot-25.png
 M       docs/reference/fitPlot-26.png
 M       docs/reference/fitPlot-27.png
 M       docs/reference/fitPlot-3.png
 M       docs/reference/fitPlot-4.png
 M       docs/reference/fitPlot-5.png
 M       docs/reference/fitPlot-6.png
 M       docs/reference/fitPlot-7.png
 M       docs/reference/fitPlot-8.png
 M       docs/reference/fitPlot-9.png
 M       docs/reference/fitPlot.html
 M       docs/reference/fsaNews.html
 M       docs/reference/geomean.html
 M       docs/reference/growthModels-1.png
 M       docs/reference/growthModels-10.png
 M       docs/reference/growthModels-11.png
 M       docs/reference/growthModels-12.png
 M       docs/reference/growthModels-13.png
 M       docs/reference/growthModels-14.png
 M       docs/reference/growthModels-15.png
 M       docs/reference/growthModels-16.png
 M       docs/reference/growthModels-17.png
 M       docs/reference/growthModels-18.png
 M       docs/reference/growthModels-19.png
 M       docs/reference/growthModels-2.png
 M       docs/reference/growthModels-20.png
 M       docs/reference/growthModels-3.png
 M       docs/reference/growthModels-4.png
 M       docs/reference/growthModels-5.png
 M       docs/reference/growthModels-6.png
 M       docs/reference/growthModels-7.png
 M       docs/reference/growthModels-8.png
 M       docs/reference/growthModels-9.png
 M       docs/reference/growthModels.html
 M       docs/reference/headtail.html
 M       docs/reference/hist.formula-1.png
 M       docs/reference/hist.formula-10.png
 M       docs/reference/hist.formula-11.png
 M       docs/reference/hist.formula-12.png
 M       docs/reference/hist.formula-13.png
 M       docs/reference/hist.formula-14.png
 M       docs/reference/hist.formula-15.png
 M       docs/reference/hist.formula-16.png
 M       docs/reference/hist.formula-2.png
 M       docs/reference/hist.formula-3.png
 M       docs/reference/hist.formula-4.png
 M       docs/reference/hist.formula-5.png
 M       docs/reference/hist.formula-6.png
 M       docs/reference/hist.formula-7.png
 M       docs/reference/hist.formula-8.png
 M       docs/reference/hist.formula-9.png
 M       docs/reference/hist.formula.html
 M       docs/reference/histFromSum-1.png
 M       docs/reference/histFromSum-2.png
 M       docs/reference/histFromSum-3.png
 M       docs/reference/histFromSum-4.png
 M       docs/reference/histFromSum-5.png
 M       docs/reference/histFromSum-6.png
 M       docs/reference/histFromSum.html
 M       docs/reference/hoCoef.html
 M       docs/reference/hyperCI.html
 M       docs/reference/index.html
 M       docs/reference/knitUtil.html
 M       docs/reference/ksTest.html
 M       docs/reference/lagratio.html
 M       docs/reference/lencat.html
 M       docs/reference/logbtcf.html
 M       docs/reference/lwCompPreds-1.png
 M       docs/reference/lwCompPreds-10.png
 M       docs/reference/lwCompPreds-2.png
 M       docs/reference/lwCompPreds-3.png
 M       docs/reference/lwCompPreds-4.png
 M       docs/reference/lwCompPreds-5.png
 M       docs/reference/lwCompPreds-6.png
 M       docs/reference/lwCompPreds-7.png
 M       docs/reference/lwCompPreds-8.png
 M       docs/reference/lwCompPreds-9.png
 M       docs/reference/lwCompPreds.html
 M       docs/reference/mapvalues.html
 M       docs/reference/metaM.html
 M       docs/reference/mrClosed-1.png
 M       docs/reference/mrClosed-2.png
 M       docs/reference/mrClosed.html
 M       docs/reference/mrOpen.html
 M       docs/reference/nlsBoot.html
 M       docs/reference/nlsTracePlot-1.png
 M       docs/reference/nlsTracePlot-2.png
 M       docs/reference/nlsTracePlot.html
 M       docs/reference/oddeven.html
 M       docs/reference/perc.html
 M       docs/reference/plotAB-1.png
 M       docs/reference/plotAB-2.png
 M       docs/reference/plotAB-3.png
 M       docs/reference/plotAB-4.png
 M       docs/reference/plotAB.html
 M       docs/reference/plotBinResp-1.png
 M       docs/reference/plotBinResp-10.png
 M       docs/reference/plotBinResp-2.png
 M       docs/reference/plotBinResp-3.png
 M       docs/reference/plotBinResp-4.png
 M       docs/reference/plotBinResp-5.png
 M       docs/reference/plotBinResp-6.png
 M       docs/reference/plotBinResp-7.png
 M       docs/reference/plotBinResp-8.png
 M       docs/reference/plotBinResp-9.png
 M       docs/reference/plotBinResp.html
 M       docs/reference/poiCI.html
 M       docs/reference/psdAdd.html
 M       docs/reference/psdCI.html
 M       docs/reference/psdCalc.html
 M       docs/reference/psdPlot-1.png
 M       docs/reference/psdPlot-2.png
 M       docs/reference/psdPlot-3.png
 M       docs/reference/psdPlot-4.png
 M       docs/reference/psdPlot-5.png
 M       docs/reference/psdPlot-6.png
 M       docs/reference/psdPlot-7.png
 M       docs/reference/psdPlot-8.png
 M       docs/reference/psdPlot-9.png
 M       docs/reference/psdPlot.html
 M       docs/reference/psdVal.html
 M       docs/reference/rSquared.html
 M       docs/reference/rcumsum.html
 M       docs/reference/removal.html
 M       docs/reference/residPlot-1.png
 M       docs/reference/residPlot-10.png
 M       docs/reference/residPlot-11.png
 M       docs/reference/residPlot-12.png
 M       docs/reference/residPlot-13.png
 M       docs/reference/residPlot-14.png
 M       docs/reference/residPlot-15.png
 M       docs/reference/residPlot-16.png
 M       docs/reference/residPlot-17.png
 M       docs/reference/residPlot-18.png
 M       docs/reference/residPlot-19.png
 M       docs/reference/residPlot-2.png
 M       docs/reference/residPlot-20.png
 M       docs/reference/residPlot-21.png
 M       docs/reference/residPlot-22.png
 M       docs/reference/residPlot-23.png
 M       docs/reference/residPlot-24.png
 M       docs/reference/residPlot-25.png
 M       docs/reference/residPlot-26.png
 M       docs/reference/residPlot-27.png
 M       docs/reference/residPlot-28.png
 M       docs/reference/residPlot-29.png
 M       docs/reference/residPlot-3.png
 M       docs/reference/residPlot-4.png
 M       docs/reference/residPlot-5.png
 M       docs/reference/residPlot-6.png
 M       docs/reference/residPlot-7.png
 M       docs/reference/residPlot-8.png
 M       docs/reference/residPlot-9.png
 M       docs/reference/residPlot.html
 M       docs/reference/se.html
 M       docs/reference/srStarts-1.png
 M       docs/reference/srStarts-2.png
 M       docs/reference/srStarts-3.png
 M       docs/reference/srStarts-4.png
 M       docs/reference/srStarts-5.png
 M       docs/reference/srStarts.html
 M       docs/reference/stockRecruitment-1.png
 M       docs/reference/stockRecruitment-2.png
 M       docs/reference/stockRecruitment-3.png
 M       docs/reference/stockRecruitment-4.png
 M       docs/reference/stockRecruitment-5.png
 M       docs/reference/stockRecruitment.html
 M       docs/reference/sumTable.html
 M       docs/reference/tictactoe-1.png
 M       docs/reference/tictactoe-2.png
 M       docs/reference/tictactoe.html
 M       docs/reference/validn.html
 M       docs/reference/vbStarts-1.png
 M       docs/reference/vbStarts-10.png
 M       docs/reference/vbStarts-11.png
 M       docs/reference/vbStarts-12.png
 M       docs/reference/vbStarts-13.png
 M       docs/reference/vbStarts-14.png
 M       docs/reference/vbStarts-15.png
 M       docs/reference/vbStarts-2.png
 M       docs/reference/vbStarts-3.png
 M       docs/reference/vbStarts-4.png
 M       docs/reference/vbStarts-5.png
 M       docs/reference/vbStarts-6.png
 M       docs/reference/vbStarts-7.png
 M       docs/reference/vbStarts-8.png
 M       docs/reference/vbStarts-9.png
 M       docs/reference/vbStarts.html
 M       docs/reference/wrAdd.html
 M       docs/reference/wsVal.html
 M       man/geomean.Rd
 M       man/growthModels.Rd

50c9acce| Derek Ogle | Fri Oct 12 19:12:55 2018 -0500
Fixed bad link in readme
 M       README.md

ba880766| Derek Ogle | Thu Oct 11 15:46:45 2018 -0500
Removed dontrun() on bootCase functions
 M       DESCRIPTION
 M       NEWS.md
 M       R/bootstrap.R
 M       man/bootCase.Rd

a3e26cf2| Derek Ogle | Thu Oct 11 15:37:44 2018 -0500
Changed psdCalc() to handle no quality fish
 M       NEWS.md
 M       R/psdCalc.R
 M       R/psdPlot.R
 M       tests/testthat/test_PSD_MSG.R

77300e4f| Derek Ogle | Mon Aug 27 14:00:23 2018 -0500
Update to variable names in agePrecision()
 M       R/ageComparisons.R
 M       man/agePrecision.Rd
 M       tests/testthat/test_AgeComparisons_MSG.R
 M       tests/testthat/test_AgeComparisons_OUT.R
 M       tests/testthat/test_AgeComparisons_VALIDATE.R